在忍者神龟经历了一波对抗危机之后，由于过度自信，以及对施莱德的忽视，黑暗势力再次强势反击，给纽约市带来了巨大的灾难。施莱德因在前几次交手中侥幸获得生还，经过一年的悉心筹谋，聚集了一批与他志同道合的恐怖组织，准备为自己的复仇大计蓄势待发。
施莱德成立了忍者红队，其全部手下都是经验丰富的忍者。并且他还成功招募了外籍势力，对纽约市发动了猛烈袭击。忍者神龟这边则各自为战，无法对抗此次的联合攻击，孤立无援的情况下智慧老鼠丹尼尔带领小伙伴躲入下水道，开始了针对红队的秘密行动。
在下水道中，忍者们跟红队进行了激烈的战斗，但很快被陆续发现，原来红队早已得到施莱德的笃姬帮的消息，他们一直在紧急搜索团队。面对一波又一波的攻击，忍者神龟们付出了沉重的代价，最终成功解决了忍者红队的侵袭，然而这场战斗也彻底消耗了他们的力量。
